In einem amerikanischen Vorort kämpfen drei vorpubertäre Zwölfjährige mit naiven Mitteln gegen ihre Einsamkeit und markieren damit gleichzeitig das Ende ihrer kindlichen Unschuld. Nach einem tragischen Vorfall, bei dem der mutige Rudy Carges im Klinsch mit einer verfeindeten Halbstarken-Clique tödlich verunglückt, sehen sich sein Zwillingsbruder Jacob sowie die besten Freunde Leonard und Malee plötzlich gezwungen, die heile Welt ihrer sorglosen Kindheit zu verlassen und erwachsen zu werden. Ihre Eltern, mit den eigenen Sorgen beschäftigt, sind ihnen dabei keine große Hilfe.
Der schüchterne und ängstliche Jacob Carges, dessen linke Gesichtshälfte von einem Geburtsmal gezeichnet ist und der sich seinem tapferen Zwillingsbruder Zeit seines Lebens unterlegen fühlte, gibt sich die Schuld an Rudys Tod. Dieser hatte den schwächeren Bruder stets verteidigen und den Spott vonseiten einer verfeindeten Bande abwenden wollen. Bei seinen trauernden Eltern scheint Jacob nun erst recht im Schatten des toten Bruders zu stehen. Doch statt sich um ihren verbliebenen Sohn zu kümmern, schaffen sie Ersatz für Rudy in Form eines Adoptivsohns herbei. Währenddessen ist Jacob fest entschlossen, den Tod seines Bruders zu rächen ...
Auch Leonard "Lenny" Fisher, der beste Freund von Jacob und Rudy, ist bei dem Brandanschlag im Baumhaus verletzt worden. Der äußerst sensible, stark übergewichtige Junge hat durch den Unfall seinen Geschmackssinn verloren. Eine gute Gelegenheit, so meinen die Ärzte, die Ernährung umzustellen und abzunehmen. Dank seines Sportlehrers entwickelt Lenny den nötigen Ehrgeiz und beginnt, sich für Sport und Äpfel zu begeistern. Wenn da nicht die esssüchtigen Eltern wären, die kein Verständnis für den Sinneswandel ihres Sohnes haben und diesen mehr und mehr aus der familiären Fressgemeinschaft ausschließen ...
Auch die aufgeweckte Malee, einziges Mädchen innerhalb der Clique, fühlt sich ausgeschlossen - aus dem Leben ihrer Mutter, einer alleinstehenden Psychotherapeutin, die nur mit ihrer Arbeit und ihrem Frust beschäftigt ist, sowie aus dem Leben ihres Vaters, der vor Jahren die Familie verlassen hat und keinerlei Interesse an seiner Tochter zeigt. Die fehlende Zuneigung kompensiert die frühreife Malee, indem sie dem erwachsenen Gus, eigentlich ein Patient ihrer Mutter, bei seinen Problemen hilft. Das Mädchen glaubt an eine Seelenverwandtschaft und verliebt sich in den tief verletzten, attraktiven Bauarbeiter. Doch auch diese Liebe muss unerfüllt bleiben ...

"Das Ende der Unschuld " ist ein warmherziger Film, der die Krisensituationen dreier Zwölfjähriger in Form von drei Geschichten geschickt miteinander verwebt. Dabei widmet sich Regisseur Michael Cuesta jedem einzelnen Handlungsstrang ebenso wie jeder einzelnen Figur auf äußerst präzise, natürliche und einfühlsame Weise.
Nach "L.I.E." (2001) ist es der zweite Spielfilm von Cuesta, der unter anderem fünf Episoden der vielfach ausgezeichneten Erfolgsserie "Six Feet Under" realisierte. Wie in seinem Debüt geht es auch in "Das Ende der Unschuld" um die Probleme von jungen Menschen, die sich auf der Grenze zwischen Kindsein und Jugenddasein befinden. Das Erwachsenwerden verlangt Jacob, Leonard und Malee, überzeugend dargestellt von den Jungschauspielern Conor Donovan, Jesse Camacho und Zoë Weizenbaum, eine Menge Kraft ab, zumal sie wenig Unterstützung vonseiten ihrer Eltern erhalten. Und nicht selten scheinen sich die Rollen umzukehren. Am Ende haben alle drei zwar ihre Unschuld verloren, sind aber in ihrer Entwicklung vorangeschritten und ihrem individuellen Ziel ein Stück näher gekommen.